Kornatski arhipelag dijeli se na četiri otočna niza, nazvana po glavnom otoku unutar njih: piškerska, kornatska, žutska i sitska. Žutsko-sitsku otočnu skupinu okružuju Pašman, na sjeveru, Vrgada, na istoku, Dugi otok, na zapadu, i Kornat, na jugu. Obuhvaća trideset pet otoka (i otočića), osam hridi i jedan greben. Najveći otok je Žut, površine 14,81 km2, s najvišim vrhom (176 m) na brdu Gubavcu. Drugi po veličini je otok Sit, površine 1,63 km2, s najvišim vrhom Veli vrh (84 m).
Krš je glavno obilježje reljefa pa se na otocima može vidjeti raskoš krških reljefnih oblika nastalih korozijom i erozivnim procesima (kamenica, škrapa, žljebova…). Otoci nemaju izvorske vode, a građeni su uglavnom od rudistnih i hondrodontnih vapnenaca.U geološkoj prošlosti bili su sastavni dio kopna a sadašnji izgled poprimili su nakon podizanja morske razine prije 10 000 godina. Obale su razvedene (zaljevi, uvale, rtovi…) a ljepotu krajobraza naglašava kontrast plavetnila mora i bijelih karbonatnih stijena obraslih oskudnom eumediteranskom vegetacijom.