Prirodna baština
Flora
Biljni svijet zaštićenih područja Šibensko-kninske županije je vrlo raznolik. Zaštićena područja, uključujući značajne krajobraze i područja ekološke mreže Natura 2000, sastoje se od morskih i kopnenih područja važnih za očuvanje ugroženih vrsta i staništa.
Podmorje zaštićenih područja Šibensko-kninske županije također je vrlo raznoliko i bogato biljnim svijetom zajednica livada morskih cvjetnica. U Jadranskom moru žive četiri vrste morskih cvjetnica. Važnu ulogu u održavanju ravnoteže obalnih ekosustava ima Posidonija (Posidonia oceanica).
Među biljnim endemima na otocima i u priobalju prevladavaju ilirsko-jadranski endemi uvršteni u Crvenu knjigu vaskularne flore Hrvatske – 4 vrste orhideja kaćunovica – grimizni i mali kaćun (Orchis puprpurea i Orchis tridentata), pčelina kokica i (Orphis apifera) i bertolonijeva kokica (Orphis bertolonii). Kao karakterističan element krškog krajolika. Žutsko-sitsku otočnu skupinu krasi vegetacija kamenjarskih pašnjaka.
U priobalju prevladavaju biljke slaništa ili halofiti koje na moru žive u ekstremnim uvjetima visoke koncentracije soli te su zato morale razviti posebne prilagodbe. Vrste halofitske vegetacije koje rastu na obalama mora uglavnom su sukulentne i krhke biljke čiji su listovi reducirani ili su gotovo bez njih tako da im člankovita stabljika bez listova daje neobičan, kaktusu sličan izgled.
Na kamenjarskim travnjacima i rijetkim šikarama zaštićenih područja Šibensko-kninske županije mogu se pronaći i ilirsko-jadranski endemi poput Ilirske perunike (Iris illyrica) kao i Dalmatinska žutilovka (Genista sylvestris ssp. dalmatica) strogo zaštićene vrste.
Na močvarnim staništima strogo je zaštićena Močvarna perunika (Iris pseudacorus) i Močvarni kaćun (Orchis laxiflora ssp. Palustris).
Na vapnenačkim tlima do 1600 m nadmorske visine, na zapuštenim travnjacima i livadama nalazimo ugroženu vrstu – Jadransku kozonošku (Himantoglossum adriaticum), iz porodice kaćunovki ili orhideja. Na području dinarskog krša do 1000 m nadmorske visine nalazimo endemičnu ilirsko-balkansku vrstu Livadski procjepak (Chouardia litardierei), zeljastu trajnicu iz porodice ljiljana, koja se nalazi na popisu strogo zaštićenih vrsta flore Hrvatske sa statusom gotovo ugrožene svojte, najviše zbog isušivanja staništa te izostanka košnje i ispaše zbog izražene depopulacije.