Plan upravljanja je dokument koji jasno određuje razvojne smjernice, način izvođenja zaštite, korištenja i upravljanja zaštićenim područjem, te pobliže smjernice za zaštitu i očuvanje prirodnih vrijednosti zaštićenog područja uz uvažavanje potreba lokalnog stanovništva. Tijekom izrade planova upravljanja zaštićenim područjima osigurava se sudjelovanje javnosti.

Plan upravljanja donosi se uz suglasnost Ministarstva kulture i prethodno mišljenje Državnog zavoda za zaštitu prirode za razdoblje od deset godina.

Prednosti Plana upravljanja su da sažima najvažnije informacije o zaštićenom području, predviđa potencijalne konflikte i određuje rješenja, određuje ciljeve upravljanja i akcije, prati uspješnost upravljanja, vodi djelatnike, osigurava kontinuitet upravljanja, osigurava jasnu i djelotvornu podjelu resursa, olakšava traženje financijske potpore, pomaže u komunikaciji s korisnicima područja, te pomaže u usmjeravanju korištenja prostora.

Kako je kroz izradu plana ključno uključiti dionike za osiguravanje uspjeha kako u izradi, tako i primjeni plana upravljanja, ustanova planira niz radionica za lokalno stanovništvo i ostale dionike, ali i svoje interne radionice od kojih je prva održana 26. siječnja 2011. u prostorijama Javne ustanove, gdje su djelatnici ustanove uz pomoć stručnjaka Željka Kramarića definirali vrijednosti i prijetnje Javne ustanove te izradili viziju.

21. veljače održana je prva radionica s dionicima na kojoj su sudjelovali zaposlenici Javne ustanove te predstavnici NP Kornati, NP Krka, JU ZPV Zadarske Županije, RRA ŠKŽ, ŠKŽ – Upravni odjel za gospodarstvo, , ŠKŽ – Upravni odjel za zaštitu okoliša i komunalne poslove,  ŠKŽ – Upravni odjel za pomorstvo i JU Zavod za prostorno uređenje ŠKŽ. Na radionici su dionici upoznati s procesom izrade plana upravljanja te je izrađena SWOT analiza (analiza snaga, slabosti, prilika i prijetnji).